太医是皇家的家庭医生，负责为皇室成员提供医疗服务；同时也负责管理全国的防疫工作。以嘉庆朝为例，太医分有大方脉（成人内科）、小方脉（儿科）、伤寒、妇人、疮疡、针灸、眼、口齿、正骨等。

相较于其他官位，太医的薪资不高，但风险高，故此，曾有民间医生不愿入宫当太医。中国文史作家郑逸梅曾记载一件宫中轶事：慈禧年间，民间医生马培之经人举荐入宫，治好慈禧的病，其后众多王公大臣争著找他看病。为求摆脱，马培之竟然当众假装晕倒，才得以返回家乡扬州。马培之其后撰写《纪恩录》记录了他为慈禧治病一事。

清朝时期，许多传教士来华，并带来西方医药，金鸡纳就是其中一例。康熙三十二年（1693年），传教士洪若翰 （1643-1710年）、刘应 （1653-1737年）献金鸡纳给康熙皇帝，药中含奎宁，能治好他的疟疾，之后奉命製作西洋药物。康熙四十四年（1705年）南巡时，康熙皇帝以宫中所製的金鸡纳作为圣药赏赐大臣。《圣祖五幸江南全录》载 :「这金鸡纳是皇上御制，服了很好，这是十两，着赐提督。」

清朝曾爆发多次疫情，例如：天花、鼠疫、霍乱等。清朝一旦发现疫症，便会立即发布榜文通告百姓。有时还会在街口竖立石碑，列明注意事项和简单药方。

乾隆年间，若有鼠疫，城中水井就会封闭。清朝政府会将染上疫症的人和其接触者隔离在一个地方，不准进出，以避免疫情进一步扩散。此外，清朝政府也会强制命令天花患者出城居住。「凡民间出痘者，移之四十里外，防传染也。有司奉行不善，露宿流离，稚弱多道殣。」