太醫是皇家的家庭醫生，負責為皇室成員提供醫療服務；同時也負責管理全國的防疫工作。以嘉慶朝為例，太醫分有大方脈（成人內科）、小方脈（兒科）、傷寒、婦人、瘡瘍、針灸、眼、口齒、正骨等。

相較於其他官位，太醫的薪資不高，但風險高，故此，曾有民間醫生不願入宮當太醫。中國文史作家鄭逸梅曾記載一件宮中軼事：慈禧年間，民間醫生馬培之經人舉薦入宮，治好慈禧的病，其後眾多王公大臣爭著找他看病。為求擺脫，馬培之竟然當眾假裝暈倒，才得以返回家鄉揚州。馬培之其後撰寫《紀恩錄》記錄了他為慈禧治病一事。

清朝時期，許多傳教士來華，並帶來西方醫藥，金雞納就是其中一例。康熙三十二年（1693年），傳教士洪若翰 （1643-1710年）、劉應 （1653-1737年）獻金雞納給康熙皇帝，藥中含奎寧，能治好他的瘧疾，之後奉命製作西洋藥物。康熙四十四年（1705年）南巡時，康熙皇帝以宮中所製的金雞納作為聖藥賞賜大臣。《聖祖五幸江南全錄》載 :「這金雞納是皇上御製，服了很好，這是十兩，著賜提督。」

清朝曾爆發多次疫情，例如：天花、鼠疫、霍亂等。清朝一旦發現疫症，便會立即發布榜文通告百姓。有時還會在街口豎立石碑，列明注意事項和簡單藥方。

乾隆年間，若有鼠疫，城中水井就會封閉。清朝政府會將染上疫症的人和其接觸者隔離在一個地方，不准進出，以避免疫情進一步擴散。此外，清朝政府也會強制命令天花患者出城居住。「凡民間出痘者，移之四十里外，防傳染也。有司奉行不善，露宿流離，稚弱多道殣。」